Historia:
Durante el gobierno de Yondaime (el cuarto Hokage) sufrió el ataque de Kyūbi, un zorro monstruoso de nueve colas, pero este líder pudo sellarle en el cuerpo de Naruto a costa de su propia vida con el jutsu Shiki Fuujin. Tras este suceso, el tercer Hokage, Sarutobi, retomó su lugar al mando de Konoha.
Unos doce años después, el malvado y ambicioso discípulo de Sarutobi, Orochimaru, el cual estaba exiliado de la aldea, y es uno de los sannin, atacó la aldea junto a sus aliados de la Aldea Oculta de la Arena, a los cuales había engañado para ello. El ataque falla, pero para poder frustrarlo, Sarutobi sacrifica su vida.
Cabe destacar que tras este suceso los 4 primeros hokages fueron sellados con la tecnica de sellado demoniaco.
Tsunade, otra de los sannin toma el cargo de el quinto Hokage (Godaime), siendo convencida por Jiraiya y Naruto
Ataque del Kyūbi:
Ocurrió aproximadamente 13 años antes de que comenzara la serie. El zorro demonio de nueve colas atacó la aldea, y muchos ninjas perdieron la vida por culpa de esto. El Cuarto Hokage consiguió sellarle dentro de su propio hijo recién nacido, Uzumaki, mediante la tácnica de sellado Shiki Fūjin, perdiendo su propia vida y siendo su alma devorada por el dios de la muerte durante toda la eternidad. Avanzada la historia, se revela que fue Madara Uchiha el que lanzó al zorro contra la aldea.
Masacre del Clan Uchiha:
La masacre ocurrió aproximadamente 4 años antes de que comenzara la serie. Uchiha Itachi fue un respetado y altamente calificado miembro del Legendario Clan Uchiha. Itachi deseando más poder quería liberar todo el potencial de su clan. Una noche asesinó a todos excepto a su hermano Sasuke, en un esfuerzo para poner a prueba su capacidad. También utilizó la masacre para despertar el legendario Mangekyou Sharingan, un avanzado variación de la Sharingan que pocos han logrado. Mas tarde se revela que Uchiha itachi no derroto solo a todo el clan sino que recibio la ayuda de Uchiha Madara.
Invasión de la Arena y el Sonido:
La invasión ocurrió aproximadamente un año después de que comenzara la serie. Orochimaru era un exiliado de Konoha que buscaba venganza contra su antiguo país. Orochimaru asesinó y usurpó el lugar del Cuarto Kazekage y planeó la invasión junto con la Aldea Escondida de la Arena. Orochimaru luchó gestionando su antiguo galardón de el Hokage Sarutobi. El tercero se vio obligado a utilizar la Técnica suicida del Dios de la Muerte para detener a Orochimaru. No obstante, sólo le logró sellar a Orochimaru la capacidad de utilizar jutsus. Konoha perdió a muchos de sus ninjas en la invasión (entre las víctimas estaba Hayate quien murió al descubrir el complot), pero lograron ganar con Orochimaru lesionado y la llegada del Sannin Jiraiya. La Arena supo más tarde que su Kazekage había sido asesinado por Orochimaru antes, y se ha inspirado en el conflicto a través de la suplantación, aun sin ser conscientes.
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