Uno de los periodos mas tumultuosos de la historia japonesa moderna ocurrio al final de 1860 y es conocido como "Restauracion Meiji". En los dos y medio siglos anteriores a esto, Japon era dictatorialmente controlado por una potencia militar conocida como "Shogunate".
En 1860, de todos modos, parecia que Japon requeria un nuevo regimen. Viendo esto, los lideres militares, entregaron el poder voluntariamente y el feudalismo, que brindaba grandes privilegios a la clase "Samurai", fue abolido. Como resultado de esto, muchos "Samurais" se encontraron sin rumbo alguno, sin maestros y sin oportunidades de empleo. Estos hombres fueron reconocidos como "Rurounis". Rurouni Kenshin narra la historia de un antiguo samurai que trabajaba con los revolucionarios con el fin de llevar a Japon hacia una nueva era, su nombre es "Kenshin Himura" y sus habilidades y velocidad con la espada son tal vez las mejores de todo Japon. Luego de la restauracion, Kenshin desaparecio y no se volvio a saber nada de el, 12 años mas tarde el reaparece en Tokyo y salva a una chica que esta siendo atacada, esa chica, llamada "Kaoru Kamiya", es la dueña del Dojo Kamiya y le ofrece hospedaje a su salvador, es aqui donde comienzan las aventuras de Kenshin intentando dejar atras su oscuro pasado como asesino.